產品介紹

背景介紹

• 染色體畸變廣泛存在于各類基因組病、腫瘤等疾病中。如在流產胚胎中，50%以上存在染色體非整倍體、微缺失與微重復等染色體畸變。傳統的染色體畸變的檢測方案包括核型分析、染色體微陣列分析等，但存在成本高、精度低等缺點。
• 全基因組低深度測序是近年來發展起來的一種高效的染色體畸變檢驗方案，它是以二代測序技術為基礎，在較低的測度覆蓋底情形下，通過對測序片段的分布統計學分析來判斷染色體畸變，兼具分辨高、結果準確、成本低廉等優勢。

技術原理

• 采用質控合格的基因組DNA，制備二代測序文庫并上機測序，通過生物信息學分析獲得待檢樣本中23條染色體的倍型、微缺失與微重復等染色體畸變結果。

特色與優勢

產品特點

• 測序深度低：0.1x-0.5x測序覆蓋度即可滿足生物信息學分析要求
• 獨創分析模型：獨有的生物信息學分析型模型，在上述測序深度下，可獲得與傳統1x-5x覆蓋度等效的分析結果。
• 分辨率高：可實現23條染色體非整倍體與100kb以上微缺失與微重復的檢驗
• 準確性高：檢驗結果與國家參考品盤一致率100%。

適用人群

• 自發性流產和復發性流產原因排查
• 智力發育障礙、行為障礙（自閉癥樣譜系障礙）原因排查
• 生長發育障礙（如發育遲緩、小頭畸形、矮小癥等）原因排查

流程與參數

實驗流程

• DNA提取與質控：常規提取基因組DNA，濃度不低于10ng/uL。提取的基因組DNA采用本公司21、18、13和性染色體倍型檢測試劑盒（熒光PCR-毛細管電泳法）試劑盒進行質控，排除母源細胞污染與無關個體污染。（重要！！！：此為全基因組低深度測序的必須步驟）
• 二代測序文庫制備：依據本試劑盒產品說明書，制備二代測序文庫（重要！！！：針對不同的二代測序平臺，提供對應的文庫制備試劑盒）
• 上機測序：參照相應的二代測序平臺，按要求將相應的文庫上機測序。
• 生物信息學分析與報告：采用本公司獨有的生物信息學分析流程進行分析與報告。

適用樣本

• 適用于各類臨床樣本所提取的基因組DNA，包括靜脈全血、臍血、唾液脫落細胞、羊水、絨毛膜等。DNA濃度不低于10ng/uL。
  

分析結果展示

圖1 - 嵌合型21三體綜合征（10%）檢驗結果

圖2 - 微缺失與微重復檢驗結果

常見問題?

Q1. 本試劑盒相較核型分析的優劣有哪些？

• 核型分析仍是產前診斷中心的基礎技術手段，用于染色體整倍體改變、染色體非整倍體、大的微缺失或微重復（10Mb以上）、染色體倒位與易位等染色體畸變的檢驗。
• 全基因組低深度測序在染色體非整倍體檢驗能力與與核型分析的檢出率與準確性相當，在微缺失與微重復檢驗上相較核型分析具有更高的分辨率，可檢出100Kb以上的微缺失與微重復。在嵌合型非整倍體檢驗能力上，可檢出5%以上的染色體嵌合。
• 通過本試劑盒對流產物的檢驗，可推斷父母是否為染色體平衡易位攜帶者。
• 本試劑盒不能檢出染色體整倍體改變和染色體倒位。

Q2. 本試劑盒相較CMA芯片的優勢有哪些？

• CMA芯片可用于染色體整倍體、非整倍體、微缺失與重復檢驗；可檢出30%或以上的非整倍體嵌合；可檢出單親同二體、LOH等，不能檢出單親異二體。
• 全基因組低深度測序在非整倍體檢出率與準確性上與CMA芯片相當；在特定位置上微缺失與重復的檢出能力低于CMA芯片，但由于測序片段分布的隨機性，全基因組低深度測序可檢出CMA芯片探針未覆蓋區域的100Kb以上的微缺失與微重復；在嵌合型非整體檢驗能力上，全基因組低深度測序顯著優于CMA芯片，可檢出5%以上的嵌合型非整倍體。
• 全基因組低深度測序技術不能檢出單親二倍體、LOH等。

Q3. 全基因組低深度測序可替代核型分析和/或CMA芯片嗎？?

• 不同的染色體畸變檢驗方案具有不同的獨特優勢。并不具備一種技術完全替代另一種技術的可能性。但在不同技術方案的選擇上，具有先后順序的選擇性。
• 在全基因組低深度測序或CMA檢驗時，均需要通過QF-PCR技術（如本公司21、18、13和性染色體倍型檢驗試劑盒，或本公司的單親二倍體檢驗試劑盒）對檢驗樣本進行質控，因此：
• 聯合本試劑盒與本公司21、18、13和性染色體倍型檢驗試劑盒：可解決染色體整倍體（包括全基因組單親二倍體如葡萄胎等）、非整倍體、嵌合型非整倍體、微缺失與微重復；同時可排除母源細胞污染的影響；對于該方案檢驗陰性的樣本可考慮再行核型分析或CMA芯片。
• 聯合本試劑盒與本公司的單親二倍體驗試劑盒：相較上述方案，可進一步解決致病性單親異二體、單親同二體。

Q4. 使用本試劑盒應注意哪些問題？

• 關于樣本質控：無論是使用本公司的全基因組低深度測序試劑盒，或是其它的CNVseq、或CNVseq plus或CMA芯片進行檢驗前，均需要采用QF-PCR技術（如本公司21、18、13和性染色體倍型檢驗試劑盒），對待檢基因組DNA進行質控，以排除樣本的母源細胞污染、無關個體污染。此為前提步驟。
• 關于測序文庫構建：當前主流的三種二代測序平臺，相應的測序文庫構建方案相互間存在一定差異，應依據自身的二代測序平臺，選擇適應該測序平臺的本試劑盒。
• 關于測序數據量：無論采用何種二代測序平臺，使用本試劑盒時，平均測序深度不應超過1x，推薦0.1x-0.5x。
• 關于生物信息學分析：采用本試劑盒獲得的二代測序數據，必須采用本試劑盒配套的、本公司獨有的生物信息學分析流程進行分析與報告。